香港特區政府與內地政府協力完善跨境交通運輸基建，以配合兩地日趨緊密的經濟合作，以及所帶來日益增加的跨境客貨運輸需求。兩地政府為此合作無間，大大促進了珠三角地區的社會及經濟發展。
香港與內地現有四條跨境道路通道，即落馬洲、文錦渡、沙頭角及深圳灣，平均每日的交通量約44 000架次。
落馬洲是跨境車流最繁忙的管制站，每日處理約32 000架次過境車輛。管制站於二零零三年九月完成擴建工程，擴大及翻新了出入境大樓，增加了檢查櫃位，使旅客處理量大大增加。及後，香港特區政府與深圳市政府共同進行落馬洲至皇崗新跨界橋的工程，新橋已於二零零五年一月通車。自此，落馬洲至皇崗跨界橋的總容車量倍增，行車更為暢順。此外，因貨車及客車分別使用新橋及舊橋，交通管理亦得到有效改善。
港深兩地政府合作興建的落馬洲至皇崗新跨界橋通車後，過境交通大為改善。
在二零零四年十月及二零零五年九月，落馬洲管制站的北行及南行方向分別增設了四個私家車檢查亭，以提升口岸車輛處理量，應付粵港兩地日益增加的車流。
落馬洲管制站南北行方向各增設了四個私家車檢查亭，增加了車輛處理量。
在沙頭角管制站，香港特區政府與深圳市政府亦共同興建了一道新跨界橋，新橋已於二零零五年一月落成通車。此項工程增加了沙頭角管制站跨界橋的總容車量，同時，南北行車輛分別使用舊橋及新橋，令車流更加暢順。
目前，羅湖是最受旅客歡迎的過境通道，平均每日處理旅客量達25萬人次，在節日更超過39萬人次。為改善口岸設施，香港特區政府已在羅湖邊境管制站完成多項改善工程，包括擴建離境大堂和擴闊旅客通道等，大大加強了過境通道的效率，以及為旅客提供更理想的過關環境。
粵港兩地政府會因應口岸的車輛處理量，不時檢討過境車輛的配額，以滿足因香港與內地經濟融合和各方面的交流所產生的跨境交通需求。在二零零四年八月，香港特區政府及廣東省政府有關部門對過境巴士加強規範管理，並批准了六條來往香港各區及深圳皇崗口岸的短途過境巴士服務。為配合深圳灣口岸的開通，粵港兩地政府發出了300個配額，供營辦商在這條新過境通道提供過境巴士服務。
香港與內地就羅湖口岸的出入境安排有一套行之有效的通報和協調機制。每逢臨近過境高峯期，香港特區政府及內地政府的有關部門會通過會議，預測出入境旅客情況及協定疏導羅湖口岸的措施，例如採用「對應式」人流管理及彈性調整進出羅湖的火車班次等。
隨著九廣鐵路公司聯同內地鐵路公司於二零零四年四月十八日起加開兩對廣九直通車，現時來往香港和廣州的直通車服務已由每日十對增至十二對。連同往返香港至北京或上海兩地之直通火車班次，每日共有26班直通火車往返香港與內地。根據調整後的時間表，第十二班北行列車於下午7時15分在紅磡開出（於晚上9時抵達廣州），而第十二班南行列車則於晚上9時23分在廣州開出（於晚上11時抵達紅磡 )。
增建大型運輸基建經香港特區政府與內地政府共同努力，深圳灣公路大橋以及上水至落馬洲支線已落成啟用。另外，雙方亦正就港珠澳大橋及廣深港高速鐵路進行前期工作。
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深圳灣公路大橋 |
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上水至落馬洲支線 |
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港珠澳大橋 |
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廣深港高速鐵路 |