香港特区政府与内地政府协力完善跨境交通运输基建，以配合两地日趋紧密的经济合作，以及所带来日益增加的跨境客货运输需求。两地政府为此合作无间，大大促进了珠三角地区的社会及经济发展。
香港与内地现有四条跨境道路通道，即落马洲、文锦渡、沙头角及深圳湾，平均每日的交通量约44 000架次。
落马洲是跨境车流最繁忙的管制站，每日处理约32 000架次过境车辆。管制站于二零零三年九月完成扩建工程，扩大及翻新了出入境大楼，增加了检查柜位，使旅客处理量大大增加。及后，香港特区政府与深圳市政府共同进行落马洲至皇岗新跨界桥的工程，新桥已于二零零五年一月通车。自此，落马洲至皇岗跨界桥的总容车量倍增，行车更为畅顺。此外，因货车及客车分别使用新桥及旧桥，交通管理亦得到有效改善。
港深两地政府合作兴建的落马洲至皇岗新跨界桥通车后，过境交通大为改善。
在二零零四年十月及二零零五年九月，落马洲管制站的北行及南行方向分别增设了四个私家车检查亭，以提升口岸车辆处理量，应付粤港两地日益增加的车流。
落马洲管制站南北行方向各增设了四个私家车检查亭，增加了车辆处理量。
在沙头角管制站，香港特区政府与深圳市政府亦共同兴建了一道新跨界桥，新桥已于二零零五年一月落成通车。此项工程增加了沙头角管制站跨界桥的总容车量，同时，南北行车辆分别使用旧桥及新桥，令车流更加畅顺。
目前，罗湖是最受旅客欢迎的过境通道，平均每日处理旅客量达25万人次，在节日更超过39万人次。为改善口岸设施，香港特区政府已在罗湖边境管制站完成多项改善工程，包括扩建离境大堂和扩阔旅客通道等，大大加强了过境通道的效率，以及为旅客提供更理想的过关环境。
粤港两地政府会因应口岸的车辆处理量，不时检讨过境车辆的配额，以满足因香港与内地经济融合和各方面的交流所产生的跨境交通需求。在二零零四年八月，香港特区政府及广东省政府有关部门对过境巴士加强规范管理，并批准了六条来往香港各区及深圳皇岗口岸的短途过境巴士服务。为配合深圳湾口岸的开通，粤港两地政府发出了300个配额，供营办商在这条新过境通道提供过境巴士服务。
香港与内地就罗湖口岸的出入境安排有一套行之有效的通报和协调机制。每逢临近过境高峯期，香港特区政府及内地政府的有关部门会通过会议，预测出入境旅客情况及协定疏导罗湖口岸的措施，例如采用「对应式」人流管理及弹性调整进出罗湖的火车班次等。
随着九广铁路公司联同内地铁路公司于二零零四年四月十八日起加开两对广九直通车，现时来往香港和广州的直通车服务已由每日十对增至十二对。连同往返香港至北京或上海两地之直通火车班次，每日共有26班直通火车往返香港与内地。根据调整后的时间表，第十二班北行列车于下午7时15分在红磡开出（于晚上9时抵达广州），而第十二班南行列车则于晚上9时23分在广州开出（于晚上11时抵达红磡 )
经香港特区政府与内地政府共同努力，深圳湾公路大桥以及上水至落马洲支线已落成启用。另外，双方亦正就港珠澳大桥及广深港高速铁路进行前期工作。
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深圳湾公路大桥 |
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上水至落马洲支线 |
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港珠澳大桥 |
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广深港高速铁路 |