民航意外調查機構將負責調查所有在香港發生，或涉及在香港註册的民用飛機在外地的意外及嚴重事故。民航意外調查機構的主要職責包括調查意外成因、公布調查報告、保護意外證物、向遇難者/傷者的家屬或生還者匯報調查進度等。
此外，民航意外調查機構亦會負責安全管理和防範意外的措施，例如管理意外和事故數據庫、分析數據以找出安全隠患、提出安全建議，以及與航空業界合作推廣安全訊息等。獨立調查機構亦會恆常為人員提供培訓並備存設備和儀器，以確保能隨時為意外調查準備就緒，履行《規例》的要求。
